南京有南京港、浦口港、新生圩港、龙潭港等。南京港是亚洲最大内河港口之一、主枢纽港和对外开放一类口岸，是我国沿海主要的港口，也是长江流域水陆联运和江海中转的枢纽港。南京港是长三角唯一实现集装箱铁路与水路无缝对接的港口，国家实施12.5米深水航道延伸至南京工程。
浦口港位于南京市西北部，长江北岸，与下关隔江相望，是长江下游著名煤炭转运口岸。以地居浦子河入江之口，改名浦子口。清末简称今名。1911年津浦铁路建成，交通地位益加重要。1912年辟为商埠。1927年划属南京市。1935年南京长江铁路轮渡建成，为北岸转输站。1968年南京长江大桥建成通车，津浦、沪宁两铁路连成一体。
龙潭港位于南京市栖霞区龙潭街道长江岸边，是南京港的重要组成部分。龙潭港拥有长江规模最大的集装箱港区，是长江规模最大、现代化程度最高的专用集装箱港区，是南京地区国际集装箱进出口的唯一通道。