主要港口为虎门港；其他码头有莞城港区、石龙港区和中堂、望牛墩等。
东莞位于珠江出海口，虎门历来就是中国南方的重要门户，溯珠江而上，可分别通达粤东、粤北、粤西乃至广西等地。主要港口——虎门港为国家一类口岸，对外国籍船舶开放，每天都有客货轮直达香港，虎门港已建成2000吨级至35000吨级泊位11个，设计能力600万吨，同时，还有莞城港区、石龙港区和中堂、望牛墩、麻涌、新民、洪梅等一批水路进出口货物装卸点。
东莞市境内拥有航道82条，可通航里程798千米。主要航道有东江干流、东莞水道、太平水道、麻涌水道、中堂水道、倒运海水道、大汾北水道和寒溪水水道。其中东莞水道1993年由7级航道改造为4级航道，可通航500吨级以下船舶。拥有河口海岸线53千米，万吨级轮船可沿珠江口狮子洋水道进入虎门、沙田、麻涌三镇。