主要看你的集装箱是什么类型的，假如是标准箱，基本可以堆到四层的。在集装箱中是允许堆高的，但对于实际住房的来说，2层到3层够了吧，下面大点用多几个。
一、厂房改造施工方案应该包括如下内容：
1、设计依据；2、工程概况；3、工程进度计划及工期保证措施；4、工程质量及保证措施；5、安全及保证措施；6、文明施工措施（要有防止扬尘治理措施）；7、施工机械、人员、劳动力进场计划；8、现场平面布置图；9、主要工作的施工方法及组织
二、运材料优先采用机械，例如：清理地面要用小钩机或铲车配合，自卸车运输，如果现场条件不允许，那就要用人工清理至室外再用机械运输。
至于屋面中的材料运输，层高不是太高，可以考虑用施工电梯或者提升架来完成，经济。